Kamome Akademisi'nin Yedi Gizemi'nden biri olan Hanako-kun'un bir asistan kazandığına dair söylentiler var: birinci sınıf lise öğrencisi Nene Yashiro. Hanako ve Yashiro birlikte okulun birçok gizemini araştırıyor, insanlar ve doğaüstü varlıklar arasındaki dengeyi koruyorlar. Ancak boş zamanlarında, ikisini genellikle Yashiro'nun okul arkadaşları ve normal insanların göremediği gizemli varlıklarla ilgili çeşitli şakalara dalarken bulabilirsiniz.