Kazamatsuri, mahreme neredeyse hiç önem vermeyen, liseli Kotarou Tennouji'nin yaşadığı, gelişmekte olan yeşil alanları ve zengin Japon kültürü barındırması nedeniyle ünü yayılmış modern bir şehirdir. Gururlu ve meraklı karakterimiz, sözde serseri Haruhiko'yu rahatsız ederek ve tuhaf Kotori'ye karşı duyduğu aşk dolu duygularını görmezden gelmeye çalışarak zamanını geçirir. Kotarou, vücudundaki herhangi bir bölümü kalıcı olarak tekrar yazma "rewrite" gücüne sahiptir, böylelikle gücünü veya hızını arttırabilmektedir. Doğaüstü Olayları Araştırma Kulübü'nün tek üyesi ve aynı zamanda başkanı olan "Cadı" Akane Senri ile özel bir toplantı yaptıktan sonra, Kotarou, Kotori ve diğer üç kişiyi: sakar transfer öğrenci Chihaya'yı, otoriter sınıf temsilcisi Lucia'yı ve sessiz Shizuru'yu kulübe dahil ederek, Doğaüstü Kulübü'nü tekrardan canlandıracaktır. Kotarou, Doğaüstü Kulübü üyelerinin sırlarını, atıldıkları maceralarda ortaya çıkardıkça, sadece kendisinin yeniden yazabileceği bir kaderle karşı karşıya kalacak...