Uzun bir uykunun ardından, Ryougi Shiki uyandı.Bunun bir yan etkisi olarak da, nesnelerin ölümünü algılama yeteneği kazandı. Her şeyi sadece tek bir bıçakla öldürebilme gücü Shiki’yi karanlık bir dünyaya çekmeye başladı.İki sene öncesinden bir katil. Havada süzülen hayalet kümeleri.Nesneleri sadece bakışlarıyla bükebilen bir kız.İnsanların ölümlerini toplayan sarmal bir yapı. Sayısız tuhaf olaylar Shiki’nin gizemli gözleriyle birleşince... Kaybettiği anıları yeniden uyanmaya başladı... Hikayenin kahramanı Ryougi Shiki geçirdiği bir trafik kazası sonucu derin bir komaya girer ve iki yıl sonra yeniden gözlerini açar. Uyandığı zaman ise “Ölümü Algılayan Gözlerin” sahibi olmuştur ancak bunun yerine içten içe bir şeyi kaybettiğine inanmaktadır. Ryougi ailesi; normal insanlardan üstün varlıklar yaratmak istemiş, bunun için de çocuklarını birçok dövüş sanatı ve eskrim gibi alanlarda eğitmiş ancak aynı zamanda da onların kişiliklerini ikiye bölmüştür. Bu yöntemle bir kişilik tek bir konuda ustalaşırken, öteki kişilik de diğer alanları çalışacaktır. Shiki de bu duruma bir istisna değildir ve birbirleriyle yer değiştiren biri kadınsı diğeri erkeksi iki kişiliğe sahip olmuştur.